Trong những năm gần đây, công nghiệp đồng bằng sông Cửu long (ĐBSCL) đã có những bước phát triển khá nhanh. Giai đoạn 2001-2005, giá trị sản xuất công nghiệp (GTSXCN) toàn vùng tăng liên tục, trung bình gấp 2,2 lần so với giai đoạn 1996-2000.
Hiện nay, ĐBSCL có hơn 92 nghìn cơ sở sản xuất, chủ yếu là công nghiệp chế biến lương thực và thuỷ hải sản, thu hút gần 580.000 lao động. Năm 2005, các cơ sở sản xuất trong vùng đã tạo ra GTSXCN hơn 52 nghìn tỷ đồng, gần gấp đôi so với năm 2001. Tuy nhiên, công nghiệp ĐBSCL đang đứng trước nhiều thách thức lớn và gay gắt về phát triển, đặc biệt khi tiến trình hội nhập quốc tế ngày càng gia tăng.
Khi nhắc đến công nghiệp hoá ĐBSCL, nhiều người thường kể đến tình trạng hạ tầng yếu kém: đường bộ, hải cảng nước sâu, sân bay… đều thiếu nghiêm trọng. Đó là một thách thức rất lớn đối với toàn vùng. Nhưng trong nhiều vấn đề, ĐBSCL khó có thể chủ động khắc phục được vì các giải pháp cụ thể đòi hỏi những khoản tiền rất lớn, phải trông chờ sự đầu tư của Nhà nước như: xây dựng cảng biển nước sâu phục vụ xuất nhập khẩu cho tầu trên 10.000 tấn; xây dựng đường cao tốc Thành phố Hồ Chí Minh- Thành phố Cần Thơ; nâng cấp quốc lộ 1A đoạn Cần Thơ- Cà Mau và Cần Thơ- Kiên Giang; nâng cấp sân bay Cần Thơ và sân bay Phú Quốc thành sân bay quốc tế.
Ngay nội bộ ngành công nghiệp ĐBSCL cũng đặt ra nhiều vấn đề rất gay gắt liên quan đến tiếp tục phát triển. Điểm nổi bật nhất đối với ĐBSCL là sự mất cân đối nghiêm trọng trong phát triển công nghiệp của các địa phương trong nhiều năm qua: ngành công nghiệp chế biến (chế biến lương thực, thuỷ hải sản, thức ăn gia súc) chiếm hơn 98% GTSXCN của toàn ngành; các ngành công nghiệp chế tạo, công nghiệp kỹ thuật cao, công nghiệp sản xuất hàng tiêu dùng chưa phát triển được bao nhiêu. Đây là điểm cần một sự đột phá trong phát triển công nghiệp thời gian tới ở ĐBSCL. Phần lớn các doanh nghiệp ở ĐBSCL có qui mô nhỏ và vừa, trung bình chỉ sử dụng 6 lao động và mỗi năm tạo ra khối lượng sản phẩm trị giá 439 triệu đồng/doanh nghiệp.
Khả năng cạnh tranh của công nghiệp trong vùng rất hạn chế, thêm vào đó là trình độ trang thiết bị và công nghệ lạc hậu, năng lực sản xuất hạn chế, chất lượng sản phẩm chưa cao, chi phí trung gian còn lớn. Theo các Sở công nghiệp trong vùng, tỷ lệ thiết bị hiện đại của các cơ sở sản xuất công nghiệp ở ĐBSCL còn rất thấp, chiếm chưa đến 20%, đa số chưa đồng bộ, chỉ tập trung ở một số công đoạn sản xuất chủ yếu. Nói cách khác thì có tới hơn 80% thiết bị cần phải được đổi mới thì mới có thể nâng cao đáng kể sức cạnh tranh của các sản phẩm công nghiệp. Ví như ở tỉnh An Giang: trình độ công nghệ của các cơ sở công nghiệp chế biến ở tỉnh này, kể cả các nhà máy mới xây, chủ yếu dừng lại ở khả năng làm phi-lê đông lạnh tươi, chưa có sự đột phá mới về công nghệ chế biến hàng giá trị gia tăng, do đó giá trị xuất khẩu thấp.
Khu vực công nghiệp quốc doanh chiếm tỷ trọng lớn trong tổng giá trị sản xuất công nghiệp trong vùng ( quốc doanh địa phương và quốc doanh trung ương cộng lại chiếm tỷ trọng hơn 39% ), nhưng phần lớn doanh nghiệp có quy mô nhỏ, trình độ trang thiết bị và công nghệ cũng lạc hậu, khả năng cạnh tranh chưa cao, vì vậy chưa đóng vai trò kích thích và xúc tác rõ rệt đối với phát triển công nghiệp trong toàn vùng.
Trong khi đó thì nguồn vốn đầu tư cho đổi mới trang thiết bị và công nghệ rất hạn chế do khả năng tích luỹ cho tái đầu tư của các doanh nghiệp còn thấp, trong khi nguồn vốn tín dụng của ngân hàng chủ yếu là cho vay ngắn hạn và trung hạn nên chỉ mới đáp ứng được một phần vốn so với nhu cầu của các doanh nghiệp. Công nghiệp ở ĐBSCL chủ yếu là công nghiệp chế biến, nhưng trình độ chế biến mới dừng lại ở sơ chế là chủ yếu, tỷ lệ chế biến chuyên sâu chưa cao. Theo bà Châu Huệ Cẩm, Thứ trưởng Bộ Công nghiệp: công nghiệp trong vùng muốn bứt ra khỏi thực trạng đó không phải là chuyện dễ, trước hết do thiếu vốn. Nhu cầu vốn phát triển của công nghiệp chế biến ĐBSCL chỉ mới được đáp ứng chừng 50%, thấp hơn nhiều so với vốn bố trí cho sản xuất nông nghiệp và thuỷ sản.
Công nghiệp ĐBSCL hướng mạnh theo xuất khẩu (gạo, thuỷ sản đông lạnh…), đến nay chủ yếu dựa vào lợi thế nguồn lao động rẻ, tài nguyên có sẵn tại chỗ; nhưng những lợi thế này có xu hướng giảm dần. Gần đây, đã xuất hiện những cảnh báo rằng nếu không khắc phục có hiệu quả những yếu kém và bất cập kể trên thì công nghiệp ĐBSCL trong mươi năm tới sẽ tụt hậu ngay so với các vùng khác trong nước và trở thành vùng có tốc độ phát triển công nghiệp chậm nhất Việt nam. Thách thức gay gắt nhất đối với ĐBSCL là áp lực cạnh tranh sẽ ngày càng gia tăng.